Цель игры – выполнить задание карты или уничтожить противника. За выполненные задания и уничтоженных противников игрок получает деньги, которые может потратить на покупку оружия, боеприпасов и снаряжения (проигравшая команда также получает деньги, но существенно меньше).

Как и в оригинальной версии игры, в Counter-Strike: Sourcе друг другу противостоят команда контр-террористов (CT, спецназа) и команда террористов (Т) в серии раундов. Каждый раунд выигрывается посредством выполнения определённой миссии (такой как подрыв бомбы или спасение заложников), либо после уничтожения всех членов вражеской команды.

Игровой процесс аналогичен таковому в Counter-Strike. Большинство видов оружия также идентично оружию в Counter-Strike 1.6, за исключением щита, который был доступен контр-террористам. В поздних версиях покупка патронов стала производиться автоматически torrent-games.net в начале раунда и при покупке нового оружия. Патроны теперь бесплатные, сразу дается полный боезапас при покупке оружия, их также можно пополнить вернувшись на место респауна.